W szóstym sezonie agenci zmierzą się z kolejnymi skomplikowanymi sprawami. Zajmą się dochodzeniem dotyczącym niezidentyfikowanego obiektu latającego. Będą musieli również przyjrzeć się niewyjaśnionemu morderstwu, które miało miejsce wiele lat wcześniej.Zespół prowadzi śledztwo w sprawie morderstwa kapitana JAG. Zwłoki mężczyzny zostały znalezione w domu przez córkę, która jako jedyna dziedziczy cały majątek zmarłego. Sebastian zostaje postawiony na czele swojego zespołu, jednak czuje się przytłoczony.