Agentka specjalna Jane Tennant (Vanessa Lachey) i jej podwładni zmagają się ze sprawami kryminalnymi w Pearl Harbor na Hawajach. Śledztwa dotyczą ewentualnych zagrożeń dla bezpieczeństwa narodowego Stanów Zjednoczonych. Funkcjonariuszom pomagają wykwalifikowani specjaliści i lokalni mieszkańcy.Mieszkający na wyspie członkowie marynarki zmagają się z serią włamań do swoich samochodów. Zespół NCIS zakłada, że za przestępstwa odpowiada ten sam sprawca. Namierza go. Tymczasem Whistlerowi nie układa się współpraca z informatorem. Alex zastanawia się nad wyborem uczelni.