Do głównych zadań detektywów rządowej agencji NCIS należy wykrywanie przestępstw, które są powiązane z marynarką wojenną bądź korpusem piechoty morskiej. Emerytowany oficer dochodzeniowy Jethro Gibbs (Mark Harmon) często służy swoją pomocą w prowadzonych śledztwach. Do zespołu należą: Anthony DiNozzo (Michael Weatherly), który wcześniej pracował w wydziale zabójstw w Baltimore, Timothy McGee (Sean Murray) - specjalista od komputerów, Abby Sciuto (Pauley Perrette) - znawczyni medycyny sądowej, doktor Donald "Ducky" Mallard (David McCallum) - lekarz sądowy, Ziva David (Cote de Pablo) - funkcjonariuszka izraelskiej agencji wywiadowczej.Tajne spotkanie przedstawicieli władzy kończy się morderstwem agenta z Departamentu Bezpieczeństwa Narodowego. Gibbs i jego zespół rozpoczynają śledztwo. Muszą nawiązać współpracę z FBI, by znaleźć mordercę. Tropy prowadzą do poznanego wcześniej wroga. Tymczasem Tony konfrontuje się z agentem Mossadu Michaelem Rivkinem.