Do głównych zadań detektywów rządowej agencji NCIS należy wykrywanie przestępstw, które są powiązane z marynarką wojenną bądź korpusem piechoty morskiej. Emerytowany oficer dochodzeniowy Jethro Gibbs (Mark Harmon) często służy swoją pomocą w prowadzonych śledztwach. Do zespołu należą: Anthony DiNozzo (Michael Weatherly), który wcześniej pracował w wydziale zabójstw w Baltimore, Timothy McGee (Sean Murray) - specjalista od komputerów, Abby Sciuto (Pauley Perrette) - znawczyni medycyny sądowej, doktor Donald "Ducky" Mallard (David McCallum) - lekarz sądowy, Ziva David (Cote de Pablo) - funkcjonariuszka izraelskiej agencji wywiadowczej.W więzieniu dla kobiet w Maryland wybuchają zamieszki spowodowane morderstwem strażnika. Agent Timothy McGee jest przetrzymywany w zakładzie karnym jako zakładnik. Zespół NCIS musi wyjaśnić okoliczności zbrodni, która przyczyniła się do sytuacji kryzysowej, zanim dojdzie do kolejnej tragedii.