Dalsze losy drużyny agentów specjalnych z Naval Criminal Investigative Service. Ekipa prowadzi dochodzenia w sprawach przestępstw dotyczących z Marynarki Wojennej i Korpusu Piechoty Morskiej Stanów Zjednoczonych. Jednostką dowodzi Główny Agent Specjalny Alden Parker (Gary Cole), były agent FBI oraz doświadczony śledczy.Zabójstwo w archiwach marynarki wojennej okazuje się powiązane z rosyjskimi szpiegami zatrzymanymi przez NCIS w ostatnich miesiącach. Trop prowadzi do informacji o planowanym, ataku. Zespół rozpoczyna działania, by zapobiec tragedii. W tym samym czasie Jimmy nieopatrznie wyznaje Knight miłość.