Dalsze perypetie grupy agentów specjalnych, którzy w swojej pracy prowadzą śledztwa dotyczące członków amerykańskiej marynarki wojennej i marines. Na czele zespołu NCIS stoi Leroy Jethro Gibbs (Mark Harmon).Sekretarz obrony podejmuje decyzję o zamknięciu śledztwa Gibbsa. Żąda aresztowania McGee i Torresa, którzy są zaangażowani w tę sprawę.