W kolejnym sezonie, dwunastym, zespół Gibbsa (Mark Harmon) znów stawi czoła zagadkom kryminalnym, w których nie wszystko jest tym, czym się wydaje na pierwszy rzut oka. Agenci muszą m.in. odnaleźć zabójcę dowódcy marynarki wojennej, eskortować geniusza komputerowego i poznać okoliczności śmierci Anglika przebywającego w USA.Gibbs i jego koledzy rozpoczynają pościg w towarzystwie agenta federalnego Fornella. Do kraju wrócił bowiem amerykański terrorysta, który aktywnie działał w trakcie wydarzeń w Syrii.