W kolejnym sezonie, dwunastym, zespół Gibbsa (Mark Harmon) znów stawi czoła zagadkom kryminalnym, w których nie wszystko jest tym, czym się wydaje na pierwszy rzut oka. Agenci muszą m.in. odnaleźć zabójcę dowódcy marynarki wojennej, eskortować geniusza komputerowego i poznać okoliczności śmierci Anglika przebywającego w USA.Zespół zajmuje się wyjaśnieniem okoliczności tajemniczej śmierci żołnierza korpusu piechoty morskiej. Przy jego zwłokach znaleziono zdjęcie jednego z rekrutów. Dla DiNozzo to okazja, aby wrócić do akademii wojskowej, gdzie uczył się jako nastolatek. Tymczasem Gibbs wraz z zespołem zostaje zaproszony na uroczystą kolację przez Bishop i jej męża.