W kolejnym sezonie, dwunastym, zespół Gibbsa (Mark Harmon) znów stawi czoła zagadkom kryminalnym, w których nie wszystko jest tym, czym się wydaje na pierwszy rzut oka. Agenci muszą m.in. odnaleźć zabójcę dowódcy marynarki wojennej, eskortować geniusza komputerowego i poznać okoliczności śmierci Anglika przebywającego w USA.Pewnej nocy w Quantico zostaje potrącona przez samochód podoficer marynarki wojennej. Sprawca ucieka z miejsca zdarzenia, zostawiając kobietę na pewną śmierć. W trakcie śledztwa Gibbs i jego zespół wpadają na trop podejrzanego, który przedstawia solidne, lecz skomplikowane alibi. Zespół rozwiązuje zagadkę w towarzystwie prawnika i miejscowego policjanta.