W kolejnym sezonie, dwunastym, zespół Gibbsa (Mark Harmon) znów stawi czoła zagadkom kryminalnym, w których nie wszystko jest tym, czym się wydaje na pierwszy rzut oka. Agenci muszą m.in. odnaleźć zabójcę dowódcy marynarki wojennej, eskortować geniusza komputerowego i poznać okoliczności śmierci Anglika przebywającego w USA.Eksplozja, do której dochodzi na pokładzie platformy wiertniczej, sprawia, że zespół nawiązuje współpracę z zajmującym się badaniem podobnych spraw wydziałem straży wybrzeża Stanów Zjednoczonych, który reprezentuje Abigail "Abby" Borin. Tymczasem tajemniczy żartowniś bierze na cel członków zespołu. Nikt nie może się czuć bezpiecznie.