W kolejnym sezonie, dwunastym, zespół Gibbsa (Mark Harmon) znów stawi czoła zagadkom kryminalnym, w których nie wszystko jest tym, czym się wydaje na pierwszy rzut oka. Agenci muszą m.in. odnaleźć zabójcę dowódcy marynarki wojennej, eskortować geniusza komputerowego i poznać okoliczności śmierci Anglika przebywającego w USA.Zespół raz jeszcze wraca do zamkniętego śledztwa, dotyczącego morderstwa sprzed 20 lat. Na potrzeby tego dochodzenia stworzono dla Gibbsa fałszywą tożsamość. Okazuje się, że z danych tych korzysta niedoszła ofiara ostatniego zamachu.