Sytuacja zmutowanych małp zmienia się wraz z pojawieniem się formacji pod wodzą Pułkownika, która dąży do przejęcia kontroli nad człekokształtnymi. W tym czasie Blue Eyes informuje ojca, że znalazł miejsce, gdzie mogłoby zamieszkać ich plemię. Zapada decyzja o wymarszu. Pod osłoną nocy dochodzi do ataku. Giną syn i żona Cezara. Mimo tragedii przywódca naczelnych wierzy w powodzenie pokojowego rozwiązania. Na własną rękę szuka osoby odpowiedzialnej za rzeź, ale wpada w ręce wroga. Dowiaduje się wtedy, że jego pobratymców zmuszono do niewolniczej pracy. Ludzi zaś atakuje wirus odwracający proces ewolucji. Nieuchronnie zbliża się ostateczne starcie.