Sarah Connor (Linda Hamilton) przebywa w zakładzie dla obłąkanych. Wciąż utrzymuje, że maszyny zawładną światem. Jej syn, 10-letni John (Edward Furlong), wychowuje się w rodzinie zastępczej. Tymczasem z przyszłości przybywa cyborg, który ma zabić chłopca. T-1000 (Robert Patrick) potrafi przybierać każdą postać i regenerować się po walce, dlatego trudno go zniszczyć. John ma jednak sojusznika, wysłanego przez rebeliantów T-800 (Arnold Schwarzenegger). Dzięki niemu wraz z matką dociera do wynalazcy, Milesa Dysona (Joe Morton), który pracuje nad androidami, mającymi zawładnąć cywilizacją. Naukowiec decyduje się zniszczyć laboratorium. Wówczas zjawia się T-1000. Dochodzi do konfrontacji dwóch zabójczych maszyn.