Przyjaciele z nowojorskiego zoo - lew Alex, żyrafa Melman, hipopotamica Gloria i zebra Marty - wciąż przebywają na Madagaskarze i marzą o powrocie do ukochanego domu. Tuż przed Bożym Narodzeniem przyczyniają się do niefortunnego wypadku z udziałem Świętego Mikołaja, który rozbija się saniami na wyspie. Na domiar złego ulubieńca dzieci dopada amnezja. Czwórka przyjaciół z pomocą pingwinów zamierza ocalić święta i rozdać prezenty. Chcą też wykorzystać sytuację, by wrócić do zoo. Tymczasem pingwiny rozpoczynają wojnę z reniferami... W polskiej wersji językowej swoich głosów użyczyli postaciom m.in. Artur Żmijewski, Małgorzata Kożuchowska i Piotr Adamczyk.