Nowy Jork. Lew Alex jest atrakcją zoo. Zwierzak ma duszę gwiazdora, uwielbia popisywać się przed publicznością, widowiskowo potrząsa grzywą i ryczy. Ceni też swój wybieg z pięknym widokiem i świetnie czuje się wśród ekscentrycznych przyjaciół: zebry Marty'ego, hipopotamicy Glorii i żyrafy Melmana. Marty nie podziela jednak jego entuzjazmu do życia w niewoli i chce uciec z zoo, by zobaczyć prawdziwą dzicz. W ten sposób wpędza w kłopoty siebie i przyjaciół. Przez niego wszyscy trafiają na pokład statku płynącego do Afryki. Wskutek sabotażu pingwinów lądują na Madagaskarze. Tam w zwierzętach budzą się pierwotne instynkty. Przyjaźń lwa i zebry staje pod dużym znakiem zapytania...