Harry Potter i jego przyjaciele, Hermiona oraz Ron, rozpoczynają już szósty rok nauki w Hogwarcie. Szkoła magii przestaje być bezpiecznym miejscem. Zmienia się kadra pedagogiczna. Nauczycielem eliksirów zostaje Horacy Slughorn, a zajęcia z obrony przed czarną magią prowadzi Severus Snape. Tymczasem Harry wspierany przez Albusa Dumbledore'a próbuje poznać mroczną przeszłość Lorda Voldemorta. Pomóc w tym może nowy profesor, lecz nie chce on przyznać się do błędu popełnionego wiele lat temu. Potter wypożycza tajemniczy podręcznik, dawniej należący do Księcia Półkrwi. Dzięki zamieszczonym tam notatkom poprzedniego właściciela staje się prymusem na zajęciach z eliksirów. Równocześnie przygotowuje się do starcia z Czarnym Panem. Wraz z Dumbledore'em poszukuje horkruksów - magicznych przedmiotów, w których Voldemort zamknął kawałki swojej duszy. Harry nie wie jednak, że jego potężny wróg ma w Hogwarcie szpiega. Dostał on zadanie od Voldemorta.