Placówka badawcza organizacji Monarch odbiera tajemniczy sygnał. Czuje go także głuchoniema Jia, ostatnia ocalała z Wyspy Czaszki i adoptowana córka doktor Ilene Andrews. Badaczka, wiedząc, że to zapowiedź niebezpieczeństwa, prosi współpracownika, Berniego, o wsparcie. Tymczasem otwiera się zapadlisko, w którym Kong odkrywa nieznane królestwo, zamieszkałe przez przedstawicieli swojego gatunku. Zaprzyjaźnia się z małym Suko, ale przywódcą plemienia okazuje się bezwzględny Skar King. Wraz ze swoimi pobratymcami wychodzi on na powierzchnię Ziemi, gotowy nią zawładnąć. Nawet Kong nie jest w stanie ich pokonać. Z pomocą przychodzi mu Godzilla.